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| Descriptif
détaillé des prestations : |
Pour l’ensemble des prestations, la plate-forme assure un suivi
des projets des utilisateurs : faisabilité du projet (temps, coût),
conseils sur les stratégies de cristallisation.
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| Cristallogenèse
: prestation de service en 2 phases |
ETAPE
1 : ETUDE DE FAISABILITE |
| * |
Réunion utilisateur |
| * |
Etude théorique (analyse de
séquence, prédiction de domaines, recherche de structure 3D
de protéine homologue) |
| * |
Etude pratique (expériences
de contrôle qualité de la protéine : dosage, SDS-PAGE,
DLS, CD, autre … et pré-criblage de cristallogenèse) |
| * |
Compte-rendu et validation ou non
de la prise en charge du projet par la plate-forme |
| ETAPE 2
: PRODUCTION DES CRISTAUX |
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Criblage automatisé des conditions
de cristallisation, optimisation des cristaux (automatisée ou manuelle) |
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Prise en charge de l’échantillon
par le plateau dans la limite, par échantillon, de 30 boites 96 puits
et 20 boites d’optimisation 24 puits |
| Cristallographie
: collaboration en 2 phases |
ETAPE
3 : TESTS DE DIFFRACTION (possibilité de prestation) |
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Préparation
des cristaux et tests sur synchrotron |
ETAPE
4 : RESOLUTION ET ANALYSE DE STRUCTURE
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Enregistrement des données
au synchrotron, traitement et affinement des données |
| ->
Précision sur la prestation de service Cristallogenèse étape
2 : les utilisateurs des équipes contributrices SFR peuvent réaliser
eux-même les expériences après formation à l’utilisation
des robots et validation de formation (facturation des kits de cristallisation
et des boites 96 puits) |
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| Equipements
:
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| •
1 robot de cristallisation « Nanodrop » Mosquito de Molecular
Dimensions (upgrade IFR) pour remplir les puits avec les solutions de
protéines et d’agents cristallisant |
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• 1 robot
de visualisation Formulatrix - RockImager 182 (visualisation automatique
des gouttes de cristallisation, luminosité et au focus variables
permettant l’optimisation pour chaque type de plaques et gouttes,
création de base de données avec les conditions de cristallisation,
thermorégulation, stockage de 182 plaques, visualisation des images
et attribution des scores possibles à distance par une interface
sécurisée |
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•
1 robot Tecan miniprep 75 (IBCP) pour préparer les solutions de
cristallisation et remplir les réservoirs des plaques de cristallisation
96 puits
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•
1 Appareil de diffusion de lumière Malvern NanoS (IBCP) pour caractériser
la monodispersité des échantillons |
| Prestations
: |
Unité
de facturation |
€,
HT |
Tarifs,
Euros HT |
| Equipes
contributrices*
à partir du 01/01/2012 |
Académiques
a partir du 01/03/2012 |
Industriels
a partir du
01/03/2012 |
| Cristallogenèse Etape 1 :
étude de faisabilité |
projet |
Devis |
Devis |
Devis |
| Cristallogenèse Etape 2 :
production des cristaux (max 30 boites 96 puits et 20 boites 24 puits) -
Réalisation des expériences |
projet |
2 250 €
|
3 700 € |
7 200 € |
| Cristallogenèse Etape 2 :
production des cristaux (max 30 boites 96 puits et 20 boites 24 puits) -
Obtention de cristaux |
projet |
NA |
1 600 €
|
3 200 € |
| Consommables + utilisation robots
|
boîte 96 puits |
26 € |
NA |
NA |
| Kit de cristallisation |
deep-well 1ml |
55 € |
NA |
NA |
| Tests de diffraction |
projet |
NA |
NA |
Devis |
| Résolution de structure |
projet |
NA |
NA |
Devis |
| Production et purification de protéines
pour la cristallogenese |
projet |
Devis |
Devis |
Devis |
| Protocoles
mis en œuvre
: |
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La cristallisation se fait en boîte 96 puits avec 1 à 3 gouttes
(1 à 3 sous-puits) selon de le principe de diffusion de vapeur.
Le robot Mosquito permet d’utiliser à la fois la technique
de la goutte assise et celle de la goutte suspendue. |
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1. Les réservoirs
d’un volume de 40 à 150 µl sont remplis avec une solution
de cristallisation issue d’un kit commercial ou « maison ».
4 kits commerciaux au choix sont proposés à l’utilisateur
dans des plaques deep wells 96 puits (une quinzaine de kits sont commercialisés
et peuvent être fournis par l’utilisateur). |
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2.
Les gouttes de cristallisation sont faites par le robot Mosquito pour
un volume final entre 100 et 800 nl. Les boites 96 puits à 3 sous-puits
permettent de faire 3 gouttes différentes par condition de cristallisation.
Par exemple : « protéine + réservoir » ou «
protéine + réservoir + additif », à différentes
concentrations en protéine ou +/- présence de ligand. |
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Spécificité
technique : une boite 96 puits avec 1 goutte par condition nécessite
peu de protéine (quelques µl) mais elle doit être très
pure et à une concentration minimale 5 mg/ml. |
