PBES

Le PBES (Plateau de Biologie Expérimentale de la Souris) est une plate-forme de l’UMS3444 BioSciences Gerland – Lyon Sud.

Le PBES fait partie de la coordination de plate-formes AniRA labellisée IBiSA et du TGIR Celphedia et, à ce titre, il est ouvert à l’ensemble de la communauté scientifique académique et industrielle, régionale et nationale.

Le PBES est constitué de deux secteurs complémentaires :
- un service animalerie (hébergement et expérimentation),
- un service d’exploration fonctionnelle des gènes regroupant les activités de transgénèse, génotypage et phénotypage.

Il propose des services pour la création, l’élevage et la production de lignées murines transgéniques, pour l’expérimentation en confinement A1, A2 et A3 ainsi que différentes prestations de génotypage et phénotypage adaptés à la souris.

Pour toute demande d’information ou de services, contacter : pbes@ens-lyon.fr

Ce programme informatique élaboré par le centre de Ressources Informatiques de l’Ecole Normale Supérieure de Lyon en collaboration avec des biologistes utilisateurs du PBES, permet de gérer l’élevage, l’hébergement et la facturation des animaux hébergés au PBES.
Ce programme est utilisé actuellement par le PBES pour gérer ses services et par ses utilisateurs pour gérer leur animaux et expériences.
Il permet de :

Gestion des Commandes : Permet de prévenir le PBES d’une arrivée d’animaux commandés à l’extérieur de l‘animalerie afin de gérer l’espace disponible et le travail des animaliers. Chaque commande est soumise à validation par le directeur du PBES.

Gestion des Entrées : Permet d’enregistrer, par lots, les entrées d’animaux et de leur attribuer un emplacement dans l’animalerie.

Gestion des Lignées : Permet d’enregistrer les différentes caractéristiques d’une lignée (Nom, OGM, propriétaire intellectuel, références bibliographiques, date d’entrée au PBES, personnes autorisées), d’attribuer un groupe tarifaire à la lignée, de définir un mode et un rythme d’élevage pour les animaux de la lignée, de générer un répertoire des différentes lignées et modifications génétiques hébergées au PBES. Les modifications de chaque caractéristique peuvent être réalisées par lots.

Gestion des Animaux : Permet de rechercher des animaux dans l’animalerie, de modifier ou supprimer des animaux, de déplacer des animaux ou des cages d’animaux dans l’animalerie, de repérer les animaux en accouplement, de définir l’utilisation de chaque animal (Elevage, Stock, Réservé pour expérimentation, en expérimentation…), visualiser l’historique et le contenu de toutes les cages ayant accueilli un animal, de générer pour impression ou exportation une liste d ‘animaux ou de cages, d’accéder à la fiche individuelle de chaque animal, d’imprimer les étiquettes des cages, de visualiser et corriger des plans de portoirs lors des inventaires, de modifier ou consulter les phénotype, génotype et fond génétique (plus back-cross) de chaque animal.

Gestion des sorties : Permet d’enregistrer, par lots, les sorties d’animaux : départs et destinations ; mort et type/cause des morts.

Gestion de la production : Permet de gérer les accouplements (dates, localisation, animaux participant…), d’enregistrer les naissances, d’enregistrer le sexe et le sevrage des animaux, d’estimer le coût de production d’une lignée, de suivre les performances zootechniques des lignées.

Gestion de la facturation : Permet de simuler des devis sur une période donnée, d’émettre des devis de date à date ; Sont facturés : les hébergements (par groupe tarifaire de lignées, types de confinement (conventionnel, protégé, A2, A3 …) présentés pour chaque unité de facturation par type de confinement, (quantité, prix unitaire et total), les prestations fournies par le PBES (détail, quantité, prix unitaire et total), les ventes d’animaux produits par le PBES.

Gestion des données : Sécurisation par sauvegardes journalières et mensuelles. Extractions sous tableur et format pdf.

Mise à jour le 8 juin 2011

Ce programme informatique élaboré par le centre de Ressources Informatiques de l’Ecole Normale Supérieure de Lyon en collaboration avec des biologistes utilisateurs du PBES, permet de gérer l’élevage, l’hébergement et la facturation des animaux hébergés au PBES. Ce programme est utilisé actuellement par le PBES pour gérer ses services et par ses utilisateurs pour gérer leur animaux et expériences. Il permet de :
-	gérer les élevages (accouplement, naissances, sevrage, génotype, phénotype)
-	connaître les animaux disponibles et de les commander
-	répertorier les animaux entrés et sortis du PBES
-	facturer à l'animal, en fonction de la durée, du type d’hébergement et de l’appartenance (industriel, académique..) du propriétaire de l'animal
-	répertorier et de facturer les prestations de services disponibles au PBES
-	d'avoir une connaissance en temps réel, du nombre, de l'emplacement, de l'appartenance, du statut expérimental et de l'historique de chaque animal hébergé par le PBES
Il sert également :
-	de base de donnée, répertoire des lignées mutantes hébergées présentes au PBES
-	de registre des entrées et sortie des animaux

Récapitulatif des différents modules et de leur fonctionnalité
-	Gestion des Commandes : Permet de prévenir le PBES d’une arrivée d’animaux commandés à l’extérieur de l‘animalerie afin de gérer l’espace disponible et le travail des animaliers. Chaque commande est soumise à validation par le directeur du PBES.
-	Gestion des Entrées : Permet d’enregistrer, par lots, les entrées d’animaux et de leur attribuer un emplacement dans l’animalerie.
-	Gestion des Lignées : Permet d’enregistrer les différentes caractéristiques d’une lignée (Nom, OGM, propriétaire intellectuel, références bibliographiques, date d’entrée au PBES, personnes autorisées), d’attribuer un groupe tarifaire à la lignée, de définir un mode et un rythme d’élevage pour les animaux de la lignée, de générer un répertoire des différentes lignées et modifications génétiques hébergées au PBES. Les modifications de chaque caractéristique peuvent être réalisées par lots.
-	Gestion des Animaux : Permet de rechercher des animaux dans l’animalerie, de modifier ou supprimer des animaux, de déplacer des animaux ou des cages d’animaux dans l’animalerie, de repérer les animaux en accouplement, de définir l’utilisation de chaque animal (Elevage, Stock, Réservé pour expérimentation, en expérimentation…), visualiser l’historique et le contenu de toutes les cages ayant accueilli un animal, de générer pour impression ou exportation une liste d ‘animaux ou de cages, d’accéder à la fiche individuelle de chaque animal, d’imprimer les étiquettes des cages, de visualiser et corriger des plans de portoirs lors des inventaires, de modifier ou consulter les phénotype, génotype et fond génétique (plus back-cross) de chaque animal.
-	Gestion des sorties : Permet d’enregistrer, par lots, les sorties d’animaux : départs et destinations ; mort et type/cause des morts.
-	Gestion de la production : Permet de gérer les accouplements (dates, localisation, animaux participant…), d’enregistrer les naissances, d’enregistrer le sexe et le sevrage des animaux, d’estimer le coût de production d’une lignée, de suivre les performances zootechniques des lignées.
-	Gestion de la facturation : Permet de simuler des devis sur une période donnée, d’émettre des devis de date à date ; Sont facturés : les hébergements (par groupe tarifaire de lignées, types de confinement (conventionnel, protégé, A2, A3 …) présentés pour chaque unité de facturation par type de confinement, (quantité, prix unitaire et total), les prestations fournies par le PBES (détail, quantité, prix unitaire et total), les ventes d’animaux produits par le PBES.
-	Gestion des registres : Sur une période donnée il est possible d’éditer un registre des entrées, des sorties, des entrées/sorties.
-	Journal de bord : Il est possible d’éditer un journal de bord contenant toutes les actions effectuées dans le programme par une personne donnée sur une période donnée (ou une session de connexion).
-	Gestion des utilisateurs : identité, appartenance, coordonnées et droits d'accès.
-	Gestion des données : Sécurisation par sauvegardes journalières et mensuelles. Extractions sous tableur et format pdf.

Distribution
PHARE est utilisée pour la gestion au jour le jour du PBES depuis 2002. Il a également été distribué à d'autres animaleries (un dizaine de centres utilisateurs en 2010), démontrant son adaptabilité à d'autres sites. Des sessions de formation sont possibles, ainsi qu'une possibilité d'hébergement des données à l'ENS de Lyon. Pour toute information contacter l'équipe à phare@ens-lyon.fr.

Perspectives
Une nouvelle version du programme, accessible par adresse internet sécurisée depuis tout poste, et contenant de nouvelles fonctionnalités (optimisation de la recherche de généalogie, gestion des projets expérimentaux, alertes, facturation à la cage …) est en cours de développement.

Mise à jour le 8 juin 2011