| US8
/ UMS3444 BioSciences Gerland - Lyon Sud |
Plateau
Technique : Production et Analyse des Protéines (PAP) |
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Dichroïsme
Circulaire |
| Sommaire
de la page : |
Réservation
- Aide à la mise en route et à l’interprétation
des résultats : |
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| Appareil disponibles sur le Plateau technique : |
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Le
Chirascan dernier-né de la société Applied
Photophysics Ltd est équipé d'un porte échantillon
polyvalent pour cuves cylindriques ou cuves droites avec régulation
de température thermostaté par effet Peltier (* PCS.3 Single
Cell Holder with Peltier Temperature Control). |
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| Principaux domaines d’utilisation du dichroïsme circulaire |
| - | Structure et conformation des protéines. |
| - | Changements structuraux induits par des variations du milieu (pH, température, détergents, co-solvants, tampons …). |
| - | Repliement des protéines, stabilité thermique, dénaturation… |
| - | Interaction protéine – ligand, protéine – acide nucléique, protéine – sucre… |
| - | Cinétiques enzymatiques. |
| - | Analyse de molécules chimiques chirales issues de synthèses organiques sélectives. |
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| -· Spectres
CD de lysozyme - Concentration : 0,1 à 1 mg/ml -· Longueur d'onde : 260 à 180 nm - Pas de 1 nm, largeur de bande 1 nm -· Cuve à trajet optique de 0,2 mm -· 8 minutes par spectre |
- Spectre CD de (R)-
et (S)-alpha pinène gazeux - Longueur d'onde : 250 à 170 nm - Pas de 0,2 nm, largeur de bande 0,5 nm - Cuve à trajet optique de 10 mm - 3,5 minutes par spectre |
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| Tutoriaux en ligne | |
| - | Electromagnetic waves
and circular dichroism: an animated tutorial by András Szilágyi
: http://www.enzim.hu/~szia/cddemo/edemo0.htm |
| - | Des liens sur tous
les sites de tutoriaux CD : http://www.cryst.bbk.ac.uk/cdweb/html/ |
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| Sites Web de déconvolution des spectres | |
| - | K2d: Prédiction
à partir de 41 valeurs de CD mesurées entre 200 et 240 nm
http://www.embl-heidelberg.de/~andrade/k2d |
| - | Dichroweb : 5 méthodes,
7 sets de protéines de référence, obligation d’avoir
des données enregistrés à partir de 190 nm, calcul
d’un NRMSD (Normalized Root-Mean-Square Deviation) pour la qualité
du fit et un spectre calculé en comparaison du spectre soumis. http://www.cryst.bbk.ac.uk/cdweb/html/ |
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| Programmes de déconvolution (sous Windows) : | |
| - | Dichroprot: (10 méthodes) http://dicroprot-pbil.ibcp.fr/ |
| - | CDPro: 3 méthodes
et calcul de paramètres de qualité du fit (NRMSD) http://lamar.colostate.edu/~sreeram/CDPro/ |
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| Fournisseurs de cuves et de matériels pour le dichroïsme circulaire : | |
| - | Hellma
http://www.hellma-france.fr/ |
| - | Starna http://www.starna.com/ |
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| Publications 2006 (travaux réalisés avec le dichrographe du plateau PAP) | |
| - | “Staphylococcus Aureus Operates Protein-tyrosine Phosphorylation through a Specific Mechanism”. D. Soulat, J.-M. Jault, B. Duclos, C. Geourjon, A. J. Cozzone and C Grangeasse. J. Biol Chem. (2006) 281, 14048-14056. |
| - | “Modulation of Nr-13 antideath activity by peptide aptamers”. Nouvion AL, Thibaut J, Lohez OD, Venet S, Colas P, Gillet G and Lalle P. Oncogene. (2006) |
| - | “Structural determinants that target the Hepatitis C virus core protein to lipid droplets”. S. Boulant, R. Montserret, RG Hope, M Ratinier, P Targett-Adams, J.-P. Lavergne, F. Penin and J McLauchlan. J. Biol Chem. (2006) 281, 22236-22247. |
| - | “NMR Structure and Molecular Dynamics of the In-Plane Membrane Anchor of Nonstructural Protein 5A from Bovine Viral Diarrhea Virus”. N. Sapay, R. Montserret, C. Chipot, V. Brass, D. Moradpour, G. Deleage and F. Penin. Biochemistry. (2006) 45, 2221-2233. |