Une manière de définir les "systèmes complexes" est de les voir comme des structures formées de nombreuses composantes (pas nécessairement homogènes) en interaction dont le comportement collectif élaboré ne peut être ni inféré ni prédit directement à partir de la connaissance des comportements individuels. En particulier, ces systèmes résistent à l'analyse descendante classique puisque leur comportement ne peut être ni prévu ni contrôlé par une approche hiérarchique. Par ailleurs, la plupart des systèmes complexes possèdent le même type de propriétés génériques, comme la robustesse aux perturbations ou l'adaptivité.
Il est clair que la définition précédente s'applique à de très nombreux systèmes biologiques. L'objet de ces journées est de présenter à un public de chercheurs en biologie les grandes approches développées pour étudier les systèmes complexes, que ce soit dans un contexte général (en présentant les grandes questions et les méthodes les plus classique) ou en prenant des exemples de recherches qui ont été menées sur des objets biologiques très variés. Elle sera aussi l'occasion pour les participants de découvrir, à travers des exposés didactiques destinés à des non-spécialistes, quelques aspects de cette approche qui consiste à d'abord reconstruire des modèles de systèmes complexes à partir de données incomplètes, manquantes ou inconsistantes pour ensuite essayer de comprendre, prédire et contrôler les systèmes considérés.
Ces journées seront aussi l'occasion de montrer des exemples de collaborations réussies entre biologistes et modélisateurs (informaticiens, mathématiciens ou physiciens) et peut-être aussi de permettre des rencontres fructueuses entre des chercheurs membres de ces communautés.